Înfiinţată în anul 1978, această instituţie are în componenţa sa 15 muzee distincte, care deţin un patrimoniu de peste 300 000 piese (arheologie, istorie, artă, memorialistică, etnografie, ştiinţe naturale). Principalele sale atribuţii constau în coordonarea, îndrumarea şi controlul activităţii unităţilor şi secţiilor, care au ca obiective gestionarea, evidenţa, conservarea, cercetarea şi valorificarea ştiinţifică a patrimoniului deţinut, organizarea de expoziţii şi acţiuni culturale specifice, îndrumarea publicului vizitator etc. Cele patru secţii muzeale, laboratorul de restaurare-conservare, secţia de relaţii cu publicul şi Centrul Internaţional de Cercetare a Culturii Cucuteni sunt deservite de un număr total de 111 posturi, din care aproape 60 sunt de specialitate.